可扣除之費用或損失項目
營利事業在經營本業及附屬業務時，相關的費用與損失，只要有適當的合法憑證，即可認列為營利事業費用及損失。若費用不符合稅法規定，就不能列為課稅所得的減項。除了稅法規定的財稅差異，凡是超出稅法規定限額，或費用憑證與稅法規定不符，都應該作帳外調整，而不能列為費用或損失。大部份超過限額的費用都可以在計算10%未分配盈餘時，由未分配盈餘項目下減除。
折舊費用
在計算固定資產的折舊時，應以平均法、定率遞減法或工作時間法為準。
營利事業在使用這些計算方法時，應於每年預估本年度所得額時，或有正當理由須變換原採用之計算方法時，向該管稽徵機關申請核准。未申請計算方法核准者，視為採用平均法，而未申請變換計算方法者，則視為沿用原方法。
在計算各種固定資產的折舊時，除非經由政府獎勵而特別縮短之外，其耐用年數不能比資產耐用年數表規定的最短年限更短。在計算一般資產的折舊時，要以採購價格為實際成本來攤提其折舊費用，但營利事業新購置的小客車則以不超過財政部規定的實際成本標準為限。此實際成本的規定為：營利事業新購置乘人小客車，依規定耐用年數計提折舊時，其實際成本以不超過新臺幣150萬元為限；自2004年1月1日起新購置者，以不超過新臺幣250 萬元為限；超提之折舊額，不予認定。經營小客車租賃業務之營利事業，自2004年1月1日起，新購置營業用乘人小客車，依規定計提折舊時，其實際成本以不超過新臺幣500 萬元為限。
呆帳費用
在對應收帳款與應收票據債權估價時，應該以扣除預計備抵呆帳後的數額為準。此項備抵呆帳，依所得稅法規定，應該以應收帳款與應收票據餘額的1%限度內酌量估列，若為金融業者，則應按此限度依債權餘額估列。若營利事業依法可以列報的呆帳實際發生比率比上述標準高，則可以用前三個年度中依法列報的實際呆帳發生比率平均值為限度，加以估列。
應收帳款、應收票據及各項欠款債權若符合下列項目之一，則可視為實際發生的呆帳損失：
1. 因倒閉逃匿、和解、宣告破產，或其他原因，以致債權的一部份或全部都不能收回，或
2. 債權中有逾期兩年者，且催收後仍然無法收取本金或利息。
如果這些債權在列入損失後又收回，則應將收回的數額列為收回年度的收益。
虧損扣抵
本年度之前各年度的營業虧損不得列入本年度計算，但以公司形式組成的營利事業，若會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱的藍色申報書，或經會計師查核簽證，並如期申報者，可以將經由該管稽徵機關核定的前五年內各期虧損，自本年純益額中扣除，然後再加以核課。
稅率
營利事業的應稅所得指的是收入淨額，也就是減除所有可扣除的成本、費用、虧損與稅負後的年度所得總額。營利事業所得稅的起徵額、課稅級距及累進稅率如下：
營利事業所得稅率
所得額級距 稅率
50,000元以下 免稅
50,000元~100,000元 課稅所得額在十萬元以下者，就其全部課稅所得額課徵15%，但其應納稅額不得超過課稅所得額超過五萬元以上部份之半數超過100,000元 課稅所得額在十萬元以上部份適用25%稅率
兩稅合一制度
自1998年1月1日兩稅合一制度實施後，對個人股東而言，由營利事業所取得的股利已納入營利事業所得稅，可用以抵繳個人綜合所得稅。對公司股東而言，取得的股利不計入課稅所得額，但公司須計入「股東可扣抵稅額帳戶」，並於日後分配可扣抵稅額給股東時使用，但非在中華民國境內居住之股東則不適用。
自1998 年度起，為配合兩稅合一制度，營利事業當年度的盈餘若未作分配，則應加徵此未分配盈餘10%的營利事業所得稅。所謂未分配盈餘，指的是經由稽徵機關核定的課稅所得額，加上：
一、同一年度依所得稅法或其他法律規定減免所得稅的所得額；
二、不計入所得課稅的所得額；
三、已依所得稅法第39條規定扣除的虧損及減除規定各款後的餘額。
加計此三項可使計算結果與會計所得相近，未來財政部將研擬修正未分配盈餘的計算，改為以會計帳上的未分配盈餘為計算基準。
在分配屬於1998或其後年度的盈餘時，營利事業須使用下列公式計算其稅額扣抵比率，並以這個比率作為計算股東等可獲配扣抵稅額的依據：
稅額扣抵比率＝股東可扣抵稅額帳戶餘額/累積未分配盈餘帳戶餘額
可扣抵稅額＝股利（或盈餘）淨額×稅額扣抵比率
營利事業在依照這項規定計算稅額扣抵比率時，若超過稅額扣抵比率上限，則應以稅額扣抵比率上限為準，計算股東可扣抵的稅額。稅額扣抵比率上限如下：
1. 累積未分配盈餘未加徵10%營利事業所得稅者，為33.33%。
2. 累積未分配盈餘已加徵10%營利事業所得稅者，為48.15%。
3. 累積未分配盈餘部分加徵、部分未加徵10%營利事業所得稅者，則依兩者在累積未分配盈餘中的比例，按1、2兩項規定的上限加權計算，公式如下：
（累積未分配盈餘未加徵10% / 全部累積未分配盈餘）*33.33%＋【1-（累積未分配盈餘未加徵10% / 全部累積未分配盈餘）】*48.15%
資料來源:財政部
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